Gereja Bonoharjo semula merupakan bagian dari Paroki Santa Maria Bunda Penasihat Baik Wates. Sejak awal Gereja ini memiliki status yang tidak jelas: Wilayah atau Stasi. Hal ini karena tidak ada Surat Keputusan dari Uskup Agung Keuskupan Agung Semarang yang menyebutkan bahwa Gereja Bonoharjo memiliki status sebagai Gereja Stasi. Akan tetapi, sebagian besar umat selalu menyebutnya sebagai Stasi Bonoharjo.

Sekitar tahun 1999 pernah diwacanakan untuk mengembangkan pelayanan umat Gereja Maria Mater Dei Bonoharjo bersama-sama dengan Wilayah Santa Theresia Brosot (Paroki Santo Yakobus Klodran Bantul) dan Wilayah Santo Yusup Sentolo (Paroki Santa Theresia Sedayu) menjadi Stasi Bonoharjo. Ketiga wilayah ini secara geografis terletak di bagian Kabupaten Kulon Progo, Daerah Istimewa Yogyakarta. Alih status Wilayah Bonoharjo menjadi Stasi Bonoharjo semakin mengerucut ketika Rama Petrus Noegroho Agoeng Sriwidodo Pr dan Rama Heribertus Suprihadi Pr berkarya di Paroki Santa Maria Bunda Penasihat Baik Wates. Umat Bonoharjo mengajukan permohonan legalisasi ke Keuskupan Agung Semarang melalui Dewan Pastoral Paroki Wates agar status Wilayah Bonoharjo berubah menjadi Stasi Bonoharjo. Harapan umat Bonoharjo ini disampaikan pada rapat Dewan Harian Wilayah Bonoharjo (Mei 2018) dan ditindaklanjuti dengan mengirimkan proposal kepada PGPM Paroki Wates. Selanjutnya, PGPM Paroki Wates menyampaikan keinginan umat Wilayah Bonoharjo kepada Uskup Agung Keuskupan Agung Semarang (KAS) pada 1 Juni 2018. Permohonan ini ditanggapi dan kemudian pada 18 Oktober 2018 dilaksanakan kunjungan Tim Visitasi KAS ke Gereja Bonoharjo. Salah satu keputusan penting dari Dewan Imam adalah perlu proses 17 pembicaraan lebih lanjut dengan Paroki Santa Theresia Sedayu dan Paroki Santo Yakobus Klodran. Pembicaraan ini menyangkut umat di Wilayah Sentolo (Paroki Santa Theresia Sedayu) dan umat di Wilayah Brosot (Paroki Santo Yakobus Klodran). Menindaklanjuti rekomendasi Dewan Imam, Pengurus Wilayah Bonoharjo secara intensif bertemu dengan umat Wilayah Sentolo dan Wilayah Brosot untuk membicarakan pembentukan Stasi Bonoharjo.

Akhirnya, pada 20 Maret 2019 terbit Surat Keputusan (SK) Uskup KAS Nomor: 0286/B/I/b-20/19 yang menetapkan pendirian Paroki Administratif Santa Maria Mater Dei Bonoharjo. SK ini berlaku mulai 24 Mei 2019 yang kemudian pada tanggal itu ditetapkan sebagai Hari Paroki. Dalam SK itu disebutkan bahwa Bonoharjo tidak sekadar sebagai Stasi (sebagaimana yang diusulkan di proposal), tetapi menjadi Paroki Administratif beserta umat Wilayah Brosot dan Wilayah Sentolo. Menurut pertimbangan Dewan Imam, terbitnya SK menjadi Paroki Administratif karena Pengurus Wilayah Bonoharjo telah menyelenggarakan Tata Penggembalaan, Tata Kelola Administrasi, dan Tata Kelola Harta Benda dengan baik sehingga layak menjadi paroki Administratif.

Paroki Administratif Santa Maria Mater Dei Bonoharjo memiliki 7 (tujuh) wilayah dengan 21 (dua puluh satu) lingkungan. Pada tahun 2019 jumlah umat mencapai 2.087 orang. Peta Paroki Santa Maria Mater Dei disajikan pada Lampiran 1.

Setelah ditetapkan menjadi Paroki Administratif, Gereja Maria Mater Dei Bonoharjo mulai mengadakan pembenahan, baik pembenahan administrasi maupun pembenahan sarana-prasarana. Pembenahan administrasi meliputi pembentukan Dewan Paroki dan Pengurus PGPM. Pengurus Dewan Paroki dan Pengurus PGPM telah menyelenggarakan rapat secara rutin. Pembenahan secara fisik meliputi pembangunan gedung gereja, kantor sekretariat, penataan 18 pastoran, dan gedung pertemuan. Pentahbisan gedung Gereja Maria Mater Dei Bonoharjo dilaksanakan pada Jumat, 1 Januari 2021, bertepatan dengan peringatan pelindung gereja: Maria Bunda Allah.

Pengurus Dewan Paroki senantiasa membangun paguyuban seluruh umat Paroki Bonoharjo. Sejumlah rapat atau pertemuan, seperti pertemuan Ibu-ibu Paroki, pertemuan Paguyuban Ketua Lingkungan, dan Pertemuan Paguyuban Prodiakon, diselenggarakan di wilayah secara bergilir. Untuk membangun relasi dengan umat, salah satu agenda HUT Paroki Administratif Bonoharjo yang ke-3 juga ditandai dengan sarasehan umat yang tujuan utamanya untuk meningkatkan rasa persaudaraan antarumat se-Paroki Bonoharjo.

Dewan Paroki berharap supaya Gereja Bonoharjo terus berkembang, baik sarana fisik maupun jumlah umat. Gagasan pemekaran lingkungan untuk beberapa lingkungan “gemuk” diharapkan dapat menjadi sarana agar semakin banyak umat yang terlibat dalam pelayanan Gereja.

Setelah berjalan selama 4 tahun sebagai Paroki Administratif dan menunjukkan kesiapan untuk peningkatan status sebagai Paroki, maka Dewan Pastoral Paroki Wates mengajukan permohonan untuk peningkatan status itu. Setelah melalui pertimbangan Dewan Imam dan Visitasi oleh Tim Keuskupan pada tanggal 26 Mei 2023, Bapak Uskup mengabulkan permohonan itu. Akhirnya, pada 15 Agustus 2023, bertepatan dengan Hari Raya Maria Diangkat ke Surga, Bonoharjo ditetapkan sebagai Paroki oleh Bapak Uskup Agung Keuskupan Agung Semarang.